Документы, подписанные электронной подписью, которые прислал вам контрагент, нужно подписать таким же способом (письмо ФНС от 23.04.2018 № ЕД-4-15/7760).
По мнению налоговиков, распечатывать электронную первичку и ставить на ней собственноручную подпись неверно. В таком случае будут считать, что документ подписала только одна сторона. Но совсем не ставить подпись на первичке тоже нельзя, это обязательный реквизит первичного документа (подп. 7 ч. 2 ст. 9 Федерального закона от 06.12.2011 № 402-ФЗ).
Контрагенты должны подписывать первичные документы одним способом. Либо живыми подписями с обеих сторон, либо электронными (ст. 6 Федерального закона от 06.04.2011 № 63-ФЗ).
Сотрудников, которые впервые работают с электронной подписью, может смутить тот факт, что ее не всегда видно на бумаге при распечатке. На этот случай составьте инструкцию, как работать с электронными документами, и разошлите ее всем ответственным работникам.
Источник: https://www.glavbukh.ru/news/27782-fns-razreshila-podpisyvat-elektronnuyu-pervichku-tolko-odnim-sposobom/
