Компания не вправе заявить вычет по покупкам для необлагаемых операций независимо от доли расходов на эти операции.
Такой вывод сделал Минфин в письме от 05.10.2017 № 03-07-11/6509.
Если доля расходов на необлагаемые операции не превышает 5 процентов в общей сумме расходов за квартал, то компания вправе не вести раздельный учет НДС. К вычету можно заявить весь входной НДС, который предъявили продавцы в этом квартале. Об этом прямо сказано в Налоговом кодексе (п. 4 ст. 170).
Но Минфин решил, что НДС по товарам, приобретенным только для необлагаемых операций, нужно включать в их стоимость. К вычету эти суммы заявить нельзя, несмотря на то что расходы на необлагаемые операции не превышают 5 процентов. Значит, вычет возможен только по покупкам для облагаемых операций. А также по «смешанным» покупкам, предназначенным для облагаемых и необлагаемых операций.
Спорить с чиновниками рискованно. Они ссылаются на решение судей с аналогичным мнением (определение Верховного суда от 12.10.2016 № 305-КГ16-9537). Налоговики также руководствуются этой позицией судей (письмо ФНС от 23.12.2016 № СА-4-7/24825). Кроме того, новую позицию чиновников отразили в Налоговом кодексе с 1 января 2018 года (Федеральный закон от 27.11.2017 № 335-ФЗ).
См. https://www.glavbukh.ru/news/26700-zapretili-rabotat-bez-razdelnogo-ucheta-nds/