Покупатель вправе принять к вычету НДС с предоплаты, даже если перечислил сумму больше, чем нужно
Минфин не видит ничего страшного в том, что размер предоплаты по договору меньше, чем перечислено продавцу по факту.
Вычет НДС можно применить, если есть упомянутый договор, платежка, подтверждающая внесение предоплаты в счет предстоящей поставки, а также счет-фактура.
Документ: Письмо Минфина России от 12.02.2018 N 03-07-11/8323.
Источник: КонсультантПлюс