Здравствуйте, Анна!
1. Срок подачи декларации для ИП, выбравших упрощенную систему налогообложения, в соответствии со ст. 346.23 НК РФ — установлен не позднее 30 апреля, года, следующего за отчетным.
2. Авансовые платежи по УСН уплачиваются не позднее 25-го числа первого месяца, следующего за истекшим отчетным периодом (абз. 2 п. 7 ст. 346.21 НК РФ), т.е. 25.04; 25.07; 25.10.
3. Итоговая сумма налога подлежит уплате в сроки, предусмотренные для представления декларации, т.е. для ИП — 30.04.
Как следует из текста вопроса — ИП начислены пени по авансовым платежам. Вероятнее всего (для точного ответа нужно смотреть документы), ИП несвоевременно уплачивал авансовые платежи, за что и были начислены пени. Начисление пени при несвоевременной уплате авансовых платежей — является законным.
ЗАО «АСОН-АУДИТ»