Если компания перечислит НДФЛ до выдачи заработной платы, налог потребуется заплатить повторно. К такому выводу Минфин пришел в письме от 15.12.2017 № 03-04-06/84250.
Удерживать НДФЛ нужно при фактической выплате заработка. И только налог, удержанный из зарплаты работника, необходимо перечислить в бюджет.
За счет собственных средств компания платить НДФЛ не вправе
Досрочно уплаченный НДФЛ налогом не считается. Ведь за счет собственных средств компания платить НДФЛ не вправе (п. 9 ст. 226 НК РФ).
Если компания заплатила налог авансом, она может обратиться в инспекцию за возвратом денег. Но НДФЛ потребуется заплатить еще раз – в момент выдачи зарплаты. Иначе налоговики доначислят пени и штраф за неуплату — 20% от неперечисленной суммы (ст. 123 НК РФ).
См. https://www.glavbukh.ru/news/26904-minfin-trebuet-platit-ndfl-dvajdy/