ФНС рекомендует налоговикам искать расхождения в первичке у компаний – участников сделки (письмо от 13 июля 2017 г. № ЕД-4-2/13650).
Если расхождения найдут, то могут пересчитать налоги и отказать в вычетах НДС.
По договору поставки налоговики сверят договор, спецификации, счета-фактуры, ТОРГ-12, ТТН и транспортные накладные. Если окажется, что счет-фактуру подписали до регистрации контрагента в ЕГРЮЛ или после исключения из реестра, то могут снять вычеты (постановление Арбитражного суда Восточно-Сибирского округа от 22 апреля 2016 г. № Ф02-1822/2016). А нестыковки в товарно-транспортной или транспортной накладных с фактом могут стать причиной признания сделки нереальной.
Быстро проверить контрагента и оценить его надежность можно в сервисе «Главбух: проверка контрагентов». Соберите полное досье на любую компанию и используйте отчет как доказательство осмотрительности при выборе партнера.
К договорам подряда у проверяющих так же бывают вопросы. В этом случае будут сверять договоры, акты, счета-фактуры. Например, если акты с субподрядчиком генподрядчик подпишет раньше, чем заключит основной договор с заказчиком, то можно остаться без вычетов и расходов (постановление Арбитражного суда Поволжского округа от 24 мая 2017 г. № Ф06-20505/2017).
См. https://www.glavbukh.ru/news/26567-nestykovki-v-pervichke/