ФНС может проверить индивидуального предпринимателя и после того, как он снялся с учета.
К такому выводу Минфин России пришел в письме от 03.10.2017 № 03-02-07/2/64141.
Инспекторы вправе проверить период, который не превышает трех календарных лет с даты, когда вынесли решение о проверке (ст. 89 НК РФ). Запрета на выездные проверки бывших ИП за период их деятельности в качестве предпринимателя в законодательстве нет. Соответственно налоговики могут прийти с проверкой и к уже недействующему ИП.
Отметим, что судьи согласны с Минфином (см., например, постановление Арбитражного суда Восточно-Сибирского округа от 23.04.2015 № А10-3830/2014).
См. https://www.glavbukh.ru/news/26464-mogut-li-nalogoviki-priyti-s-proverkoy-k-byvshemu-ip